En fonction du type d'activité et de l'importance de celle-ci, différentes déclarations doivent être réalisées annuellement par les exploitants.

Déclaration de flux : En fonction de leur localisation géographique, certains exploitants agricoles doivent déclarées les flux d'azote de leur exploitation (azote produit, azote exporté, importé, azote minéral acheté...). Cette déclaration est à réaliser au mois d'octobre-novembre de chaque année.

Déclaration d'émissions polluantes : En fonction des activités exercées, tous les ans au mois de mars, une déclaration des émissions polluantes dans l'eau, dans l'air et dans les sols est à réaliser.

Les activités d'élevage sont soumises à redevance pour la pollution de l'eau dont la déclaration est à faire auprès de l'agence de l'eau au mois de mars de chaque année.